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Durante as últimas fases da biossíntese, as proteínas sofrem um processo conhecido
como modificação pós-tranducional (PTM). Compreender a natureza dessas modificações
é de grande importância à medida que elas ampliam o leque de funções biológicas das
proteínas. A identificação de uma modificação pós-tranducional geralmente é realizada
com base no espectro MS/MS e poder ser complicada além de demorada, se realizada manualmente.
O software PTM Finder permite a comparação rápida e fácil de espectros MS/MS a procura
de PTMs definidas pelo usuário.
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Como funciona o PTM Finder ? |
O espectro MS/MS é importado no formato de arquivo compatível com o software AXIMA
da Shimadzu. Os picos são processados em post run e os dados de MS/MS são incorporados.
Múltiplas buscas no banco de dados do Mascot podem ser realizadas com diferentes parâmetros
de busca (enzima, perda de clivagem, etc.) e os resultados dessas buscas são atribuídos
a uma lista de busca de uma única proteína. Os dados dos espectros MS/MS que permanecem
sem serem encontrados nestas pesquisas podem ser rastreados pelas PTMs definidas pelo
usuário, usando o software PTM Finder.
O software PTM Finder funciona da seguinte maneira:
. Os dados de MS/MS são adicionados a um projeto;
. Os espectros podem ser reprocessados usando a função peak process (opicional);
. Os dados de MS/MS são submetidos à busca no Mascot de acordo com os parâmetros de
pesquisa estabelecidos. Correspondências encontradas para proteínas em busca simples
ou consecutivas são exibidas na PTM Finder e um minibanco de dados é criado para essa
proteína, que será usado nos módulos Digestion e PTM define;
. Digestion. Esta função foi concebida para orientar o usuário em possíveis PTMs que
não tenham sido consideradas. Para isso, cada uma das proteínas no minibanco de dados
é digerida teoricamente baseada nos parâmetros fixados na busca ao banco de dados
do Mascot. As eventuais correspondências são resumidas em uma tabela como possíveis
PTM candidatos que devem ser considerados no módulo PTM define;
. PTM define. Este módulo permite ao usuário definir candidatos as PTMs. Duas abordagens
estão disponíveis dependendo se a PTM é considerada lábil ou não-lábil;
. PTMs lábeis normalmente sofrem perdas durante análise MALDI. Uma característica
dos grupos funcionais é perdida durante uma irradiação laser (por exemplo, uma perda
de 98 Da de um fosfopeptídeo equivale a perda do grupo fosfato);
. PTMs não-lábeis mantêm a modificação no aminoácido durante a fragmentação MS/MS.
Os fragmentos produzidos durante o MS/MS tem uma variação de massa equivalente a PTM.
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Apresentação dos resultados |
O PTM Finder fornece o usuário com uma série de dados que permitem a investigação
(Figura 1). Estes incluem:
. A árvore do projeto;
. O espectro;
. O controle;
. A lista de massas;
. Os resultados.
figura 1 - Janelas de interface do software PTM Finder
O projeto no PTM Finder é resumido numa árvore, como na Figura 2. Os diferentes resultados
de pesquisas realizadas no Mascot são reunidos assim como o rastreamento de PTM derivadas
a partir do módulo PTM define.
figura 2 - Árvore de projeto do software PTM Finder
Mais informações sobre a correspondência das proteínas pesquisadas são apresentadas
no quadro de resultados apresentados na Figura 3. Esta é uma representação dos resultados
das pesquisas realizadas no Mascot, bem como o rastreamento de qualquer PTM encontrada
utilizando o software PTM Finder, representados na cor verde.
figura 3 - Resultados utilizando o software PTM Finder
O software PTM Finder é compatível com os sistemas operacionais Windows XP e Windows
Vista e foi desenvolvido para melhorar o desempenho e a utilidade do AXIMA Resonance,
tornando-se um pacote atraente para pesquisadores que pretendam explorar modificações
pós translacional das proteínas.
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